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COVID-19に関する文献紹介

　　
SARS-CoV-2ゲノムの系統発生学的ネットワーク分析
Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes.
著者
Forster P, Forster L, Renfrew C, Forster M.
出典
Proc Natl Acad Sci U S A. 2020 Apr 28;117(17):9241-9243. doi: 10.1073/pnas.2004999117. Epub 2020 Apr 8.

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【要約】
2019年12月から2020年3月4日の期間、世界中から提供された重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-CoV-2）160株（Global Initiative on Sharing Avian Influenza Dat；ドイツ連邦食糧・農業・消費者保護省）の全ゲノムの系統発生学的ネットワーク解析が行われた。アミノ酸変異によって区別される3つの中心的な突然変異株（A型、B型、C型）が認められた。A型は、雲南省のコウモリのコロナウイルス分離株からの祖先型（ancestral type）であり、B型はA型から派生し、C型はB型から派生している。A型とC型は欧州と米国で多く見られ、B型は東アジアで最も一般的である。

COVID-19患者咳時のサージカルマスクと綿マスクの有効性
Effectiveness of Surgical and Cotton Masks in Blocking SARS-CoV-2: A Controlled Comparison in 4 Patients.
著者
Bae S, Kim MC, Kim JY, Cha HH, Lim JS, Jung J, et al.
出典
Ann Intern Med. 2020 Apr 6. doi: 10.7326/M20-1342. [Epub ahead of print].

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【要約】
COVID-19患者4名を対象に、ウイルス輸送培地を含むペトリディッシュを患者の口から約20 cmのところに置き、マスクなし、サージカルマスク装着、綿製マスク装着で咳を5回したところ、ウイルス量中央値はそれぞれ、2.56 log copies/mL、2.42 log copies/mL、1.85 log copies/mLであった。マスク表面のスワブでは、マスク内側表面はサージカルマスクと綿製マスクともに3 / 4名がSARS-CoV-2陰性だったが、マスク外側表面は全員が陽性であった。サージカルマスクと綿製マスクともに、COVID-19患者の咳においてSARS-CoV-2を効果的にろ過できず、マスク外側表面に触れた後の手指衛生の重要性が裏付けられた。

呼気中のウイルス排出とフェイスマスクの有効性
Respiratory virus shedding in exhaled breath and efficacy of face masks.
著者
Leung NHL, Chu DKW, Shiu EYC, Chan KH, McDevitt JJ, Hau BJP, et al.
出典
Nat Med. 2020 Apr 3. doi: 10.1038/s41591-020-0843-2. [Epub ahead of print]

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【要約】
季節性コロナウイルス、インフルエンザウイルス、ライノウイルスに感染している被験者計111名の呼気を採取し、直径5μm以上の飛沫中および、それ未満のエアロゾル中のウイルス量をRT-PCRを用いて測定した。不織布マスク着用の有無で比較したところ、マスク着用群は飛沫/飛沫核中のコロナウイルスと、飛沫中のインフルエンザウイルスが非着用群より少なかった。ライノウイルスにはマスク着用有無で差が認められなかった。季節性コロナウイルスはSARS-CoV-2とほぼ同じ大きさのため、SARS-CoV-2も同様の機序である可能性が高いと考えられる。不織布マスクの着用がSARS-CoV-2の飛沫感染や飛沫核感染拡大予防に一定の役割を果たす可能性が示唆された。

WHO COVID-19が疑われる場合の医療における感染予防と
管理の暫定手引き（2020年3月19日）
Infection prevention and control during health care when COVID-19 is suspected. Interim guidance March 19, 2020.
出典
WHO.

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【要約】
WHOは「COVID-19が疑われる場合の医療における感染予防と管理」の暫定手引きを発表した。この手引きには、COVID-19疑い患者をトリアージ、早期発見、隔離すること、すべての患者に標準予防策を適用すること、COVID-19の疑いがある症例には飛沫予防策と接触予防策を実施し、これらの患者にエアロゾルを発生させる処置（例：気管挿管、非侵襲的換気、気管切開、心肺機能蘇生、挿管前の手動換気、気管支鏡検査など）を行う場合は空気予防策を実施すること、環境および器具の消毒には次亜塩素酸ナトリウムおよび70 %エタノールを用いることなどが推奨されている。

眼からSARS-CoV-2の検出
Evaluation of coronavirus in tears and conjunctival secretions of patients with SARS-CoV-2 infection
著者
Xia J, Tong J, Liu M, Shen Y, Guo D.
出典
J Med Virol. 2020 Feb 26. doi: 10.1002/jmv.25725. [Epub ahead of print]

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【要約】
SARS-CoV-2感染患者の涙および結膜分泌物中にSARS-CoV-2が存在するかどうか評価された。新型コロナウイルス肺炎（NCP）患者（確定例）30名（重症例9名、非重症例21名）は、2020年1月26日から2020年2月9日の期間、浙江大学第一連携病院から選択された。検体は、2～3日間隔で2回採取され、RT-PCRを用いてウイルスRNAを検出した。結膜炎を伴う患者1名（非重症例）のみが陽性を示し（2回とも）、他の結膜炎を伴わない患者はすべて陰性だった。この結果から、結膜炎のない患者の涙と結膜分泌物は、SARS-CoV-2の感染経路ではないことが示唆された。

鼻腔と咽頭のSARS-CoV-2量比較
SARS-CoV-2 Viral Load in Upper Respiratory Specimens of Infected Patients
著者
Zou L, Ruan F, Huang M, Liang L, Huang H, Hong Z, et al.
出典
N Engl J Med. 2020 Mar 19;382(12):1177-1179. doi: 10.1056/NEJMc2001737. Epub 2020 Feb 19.

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【要約】
中国広東省珠海のCOVID-19患者18名（男性9名、女性9名、年齢中央値59歳［範囲26〜76歳］、うち1名は無症状）の鼻腔と咽頭のSARS-CoV-2のウイルス量がRT-PCRを用いて監視された。検体は発症から連続して1～9回各患者から採取され、鼻腔スワブ72検体、咽頭スワブ72検体のSARS-CoV-2のウイルス量が測定された。発症後すぐに高いウイルス量が検出された。鼻腔のほうが咽頭よりもウイルス量が多かった。無症状患者のウイルス量は、症状がある患者のウイルス量と類似していた。これは、無症状患者でもSARS-CoV-2を感染させる可能性があることを示唆している。

　　　　
中国のInfectious Disease Information Systemに報告された
（2020年2月11日まで）COVID-19全症例72,314名の症例分析
The Epidemiological Characteristics of an Outbreak of 2019 Novel Coronavirus Diseases (COVID-19) — China, 2020
著者
The Novel Coronavirus Pneumonia Emergency Response Epidemiology Team.
出典
China CDC Weekly 2020; 2(8): 113-122.

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【要約】
2020年2月11日までに中国のInfectious Disease Information Systemに報告されたCOVID-19全症例72,314名のうち、確定例61.8 %、疑い例22.4 %、臨床診断例（湖北省のみ）14.6 %、無症候性例1.2 %だった。確定例のうち、ほとんどが30〜79歳（86.6 %）で、湖北省で診断され（74.7 %）、男性は51.4 %だった。症状の程度は、軽症80.9 %、重症13.8 %、重篤4.7 %であり、死亡はすべて重篤例で致死率2.3 %だった。COVID-19は、2019年12月以降に湖北省から31州、全1,386郡に広がった。発症の流行曲線は1月23日から26日頃にピークに達し、その後2月11日まで減少し始めた。医療従事者は1,716名が感染し、5名が死亡した。

肛門および血液から2019-nCoVの検出
Molecular and serological investigation of 2019-nCoV infected patients: implication of multiple shedding routes
著者
Zhang W, Du RH, Li B, Zheng XS, Yang XL, Hu B, et al.
出典
Emerg Microbes Infect. 2020 Feb 17;9(1):386-389. doi: 10.1080/22221751.2020.1729071. eCollection 2020.

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【要約】
武漢肺疾患病院の2019-nCoV陽性患者15名を対象に口腔スワブ、肛門スワブ、全血からRT-PCRを用いて2019-nCoVを検出したところ、それぞれ53.3 %、26.7 %、40 %が陽性だった。患者2名が口腔スワブと肛門スワブの両方が陽性だったが、血液陽性患者では口腔および肛門スワブが陽性になった患者はいなかった。別の2019-nCoV 陽性患者16名で、入院後初回検体採取日のRT-PCR陽性患者は口腔スワブ50 %のほうが肛門スワブ25 %より多かったが、5日目の陽性患者は口腔スワブ25 %より肛門スワブ37.5 %のほうが多かった。口腔スワブのウイルス検出は不完全であることが示唆された。

2019-nCoV感染肺炎の重症例と非重症例比較
Clinical Characteristics of 138 Hospitalized Patients With 2019 Novel Coronavirus-Infected Pneumonia in Wuhan, China
著者
Wang D, Hu B, Hu C, Zhu F, Liu X, Zhang J, et al.
出典
JAMA. 2020 Feb 7. doi: 10.1001/jama.2020.1585. [Epub ahead of print]

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【要約】
中国の武漢大学の中南病院（三次医療機関 教育病院）で、2020年1月1日から1月28日の期間、2019-nCoV感染肺炎（NCIP）が確定された入院患者138名のICUで治療を受けた患者（重症患者）と受けなかった患者（非重症患者）の比較が行われた（後ろ向き症例集積研究）。重症患者36名は非重症患者102名と比較して、高齢（年齢中央値66歳と51歳）であり、基礎的な併存疾患の保有（72.2 %と37.3 %）、呼吸困難（63.9 %と19.6 %）、食欲不振（66.7 %と30.4 %）の傾向が高かった。2月3日現在、NCIPの入院患者138名のうち34.1 %が退院し（入院期間中央値10日）、4.3 %が死亡した。

コロナウイルスの環境生存性と消毒効果（文献レビュー）
Persistence of coronaviruses on inanimate surfaces and their inactivation with biocidal agents
著者
Kampf G, Todt D, Pfaender S, Steinmann E.
出典
J Hosp Infect. 2020 Mar;104(3):246-251. doi: 10.1016/j.jhin.2020.01.022. Epub 2020 Feb 6.

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【要約】
コロナウイルスの無生物表面上での生存性、および殺菌剤の効果について文献レビューが行われた。重症急性呼吸器症候群コロナウイルス、中東呼吸器症候群コロナウイルスまたはエンデミックヒトコロナウイルスは、最大9日間まで金属、ガラスまたはプラスチックのような無生物表面上に生残できる。62～71 %エタノール、0.5 %過酸化水素または0.1 %次亜塩素酸ナトリウムを用いた表面消毒処理は、1分間以内に効果的に不活化できる。0.05～0.2 %ベンザルコニウム塩化物または0.02 %クロルヘキシジングルコン酸塩は、効果が低い。

眼から2019-nCoVの感染
2019-nCoV transmission through the ocular surface must not be ignored
著者
Lu CW, Liu XF, Jia ZF.
出典
Lancet. 2020 Feb 22;395(10224):e39. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30313-5. Epub 2020 Feb 6.

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【要約】
Lu（吉林大学第一病院 眼科）らは、中国の肺炎に関する国家専門委員会のメンバーであるWangが武漢発熱外来診療所で、N95マスクを装着していたが、眼の保護具を装着していなかったため、2019-nCoVに感染した可能性があることを示した。そして、Wangは肺炎の発症の数日前、眼の充血があった。Luらは、眼科医に向けて2019-nCoV感染が疑われる症例の検査時の眼の防護具の必要性を訴えた。

2019-nCoVヒト－ヒト感染と基本再生産
Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus-Infected Pneumonia
著者
Li Q, Guan X, Wu P, Wang X, Zhou L, Tong Y, et al.
出典
N Engl J Med. 2020 Mar 26;382(13):1199-1207. doi: 10.1056/NEJMoa2001316. Epub 2020 Jan 29.

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【要約】
湖北省武漢で発生した2019-nCoV感染肺炎（NCIP）の最初（2020年1月22日まで）の確定例425名の疫学的特性が確認された。華南海鮮卸売市場に関連していた症例は、2020年1月1日より前の症例で55 %、それ以降の症例で8.6 %であった。潜伏期間は平均5.2日（95 %信頼区間［CI］4.1～7.0）、95パーセンタイル値12.5日であった。基本再生産は2.2（95 % CI 1.4-3.9）であり、患者数が倍増する時間は7.4日だった（2020年1月4日までのデータ）。これらの結果から、2019年12月中旬から密接な接触者の間でヒトからヒトへの感染が発生していたことが示唆された。